09 - Importar y exportar datos
François Rebaudo, IRD francois.rebaudo@ird.fr
Marzo 2019 ; PUCE-Quito-Ecuador http://myrbooksp.netlify.com/
CC BY-NC-ND 3.0
Directorio de trabajo
Verificar el directorio de trabajo
getwd()## [1] "C:/Users/nous/Documents/Francois/TRAVAIL/00__EN_COURS/FORMATION/CURSOS_DE_R_2019"list.files()## [1] "00_buildPrez.R" "00_prerrequisitos.R"
## [3] "BAK" "myData"
## [5] "myFiles" "myVideos"
## [7] "programaTentativo.docx" "programaTentativo.txt"
## [9] "R00_links.html" "R00_links.Rmd"
## [11] "R01_introduction.html" "R01_introduction.Rmd"
## [13] "R02_calculadora.html" "R02_calculadora.Rmd"
## [15] "R03_objet.html" "R03_objet.Rmd"
## [17] "R04_editorTexto.html" "R04_editorTexto.Rmd"
## [19] "R05_dataType01.html" "R05_dataType01.Rmd"
## [21] "R06_dataType02.html" "R06_dataType02.Rmd"
## [23] "R07_functions.html" "R07_functions.Rmd"
## [25] "R08_functions.html" "R08_functions.Rmd"
## [27] "R09_importExport.Rmd" "R10_algo01.Rmd"
## [29] "R11_algo02.Rmd" "R12_gestion.Rmd"
## [31] "R13_graph01.Rmd" "R14_graph02.Rmd"
## [33] "R15_graph03.Rmd" "R16_stats01.Rmd"
## [35] "R17_rmarkdown.Rmd" "R18_conclu.Rmd"
## [37] "reveal.css" "ROSALIND.R"
## [39] "ROSALIND_COURS.docx" "X07_Ejercicios.Rmd"
## [41] "X09_Ejercicios.Rmd" "X13_Ejercicios.Rmd"
## [43] "X14_Ejercicios.Rmd" "X17_Ejercicios.Rmd"Cambiar el directorio de trabajo
setwd("..")
setwd("~/Documents/CURSOS_DE_R_2019")
setwd("/home/fr/Documents/CURSOS_DE_R_2019")Importar y ejecutar codigo
Importar y ejecutar codigo
source("00_prerrequisitos.R")## Le chargement a nécessité le package : palettesForR## Le chargement a nécessité le package : devRate## Le chargement a nécessité le package : microbenchmark## Le chargement a nécessité le package : plotly##
## Attachement du package : 'plotly'## The following object is masked from 'package:ggplot2':
##
## last_plot## The following object is masked from 'package:stats':
##
## filter## The following object is masked from 'package:graphics':
##
## layout## Le chargement a nécessité le package : roxygen2## Le chargement a nécessité le package : spatstat## Le chargement a nécessité le package : spatstat.data## Le chargement a nécessité le package : nlme## Le chargement a nécessité le package : rpart##
## spatstat 1.57-1 (nickname: 'Cartoon Physics')
## For an introduction to spatstat, type 'beginner'##
## Note: spatstat version 1.57-1 is out of date by more than 3 months; we recommend upgrading to the latest version.## Le chargement a nécessité le package : parallel## Le chargement a nécessité le package : revealjsLeer datos desde un archivo
Archivos CSV
Transformar archivos XLS y XLSX en CSV (guardar archivo como…).
Archivos CSV
wd <- "./myData/"
setwd(wd)
getwd()## [1] "C:/Users/nous/Documents/Francois/TRAVAIL/00__EN_COURS/FORMATION/CURSOS_DE_R_2019/myData"list.files()## [1] "00_shi2016.pdf"
## [2] "copitarsia.R"
## [3] "dashboard_ex.Rmd"
## [4] "dashboard_res01.html"
## [5] "dataShi2016PourVignetteDevRate.xls"
## [6] "discurso20190109.txt"
## [7] "discurso20190110.txt"
## [8] "discurso20190111.txt"
## [9] "discurso20190117.txt"
## [10] "E05C13.csv"
## [11] "palettesForR_show.pdf"
## [12] "README.md"
## [13] "revealjs_ex.Rmd"
## [14] "revealjs_res01.html"
## [15] "rmarkdown_ex.Rmd"
## [16] "rmarkdown_res01.html"
## [17] "salleElevage_20190206114212.csv"
## [18] "Supplementary Material 2 - Table S1.xlsx"setwd("..")Archivos CSV
Abrir el archivo con el bloc de notas.
bdd <- read.table(
file = "./myData/E05C13.csv",
header = TRUE,
sep = ",",
dec = ".",
skip = 1,
stringsAsFactors = FALSE
)Archivos CSV
head(bdd)## X. Date.Heure..GMT.04.00
## 1 1 11/12/15 23:00:00
## 2 2 11/12/15 23:30:00
## 3 3 11/13/15 00:00:00
## 4 4 11/13/15 00:30:00
## 5 5 11/13/15 01:00:00
## 6 6 11/13/15 01:30:00
## Temp...Â.C..LGR.S.N..10362176..SEN.S.N..10362176.
## 1 4.973
## 2 4.766
## 3 4.844
## 4 4.844
## 5 5.076
## 6 5.282Archivos CSV
names(bdd) <- c("id", "dateTime", "temp")
str(bdd)## 'data.frame': 32786 obs. of 3 variables:
## $ id : int 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
## $ dateTime: chr "11/12/15 23:00:00" "11/12/15 23:30:00" "11/13/15 00:00:00" "11/13/15 00:30:00" ...
## $ temp : num 4.97 4.77 4.84 4.84 5.08 ...is.data.frame(bdd)## [1] TRUEArchivos TXT
miTextFile <- "./myData/README.md"
readLines(miTextFile)## [1] "# myRBook_SP"
## [2] "Aqui se encuentra el código fuente del libro *Aprender R: iniciación y perfeccionamiento*, construido con bookdown."Archivos TXT
scan(miTextFile, what = "character")## [1] "#" "myRBook_SP" "Aqui"
## [4] "se" "encuentra" "el"
## [7] "código" "fuente" "del"
## [10] "libro" "*Aprender" "R:"
## [13] "iniciación" "y" "perfeccionamiento*,"
## [16] "construido" "con" "bookdown."Otros archivos
Usando paquetes casi todos los archivos se pueden abrir con R.
Leer datos desde Internet
Leer datos desde Internet
bddI <- read.table(
'https://raw.githubusercontent.com/frareb/myRBook_SP/master/myFiles/E05C13.csv',
header = TRUE,
skip = 1,
sep = ",",
dec = "."
)Exportar datos
Exportar datos para uso futuro en R
Archivos RData.
miObjeto <- rnorm(10000)
save(miObjeto, file = "miObjeto.RData")
load("miObjeto.RData")- Mismo nombre para el archivo y el contenido del archivo.
- Extension RData
Exportar datos de una tabla
La función genérica write() y la función write.table().
dfLetters <- data.frame(num = 1:26, letters = letters)
write.table(dfLetters, file = "myFiles/dfLetters.csv",
sep = ",", col.names = TRUE, row.names = FALSE)
read.table(file = "myFiles/dfLetters.csv", header = TRUE, sep = ",")Exportar la consola
sink("misResultados")
miObjeto <- rnorm(10000)
summary(miObjeto)
mean(miObjeto)
sink()Exportar la consola
misResultados <- capture.output(
miObjeto <- rnorm(10000),
summary(miObjeto),
mean(miObjeto)
)
cat("misResultados", misResultados, file = "misResultados.txt",
sep = "\n", append = TRUE)Trabajar con servidores
Servidores
- ssh
- Rscript